Międzywydziałowe Studium Ochrony Środowiska jest jednostką realizującą proces dydaktyczny poprzez pracowników katedr poszczególnych wydziałów Uczelni. Studium nie zatrudnia zatem własnych pracowników, oprócz personelu sekretariatu Studium. Obsada poszczególnych przedmiotów jest wyłaniana zazwyczaj w drodze konkursu.

Całokształtem działalności Studium kieruje Rada Studium, której przewodniczy Kierownik Studium.

Kierownik Studium, zgodnie ze Statutem SGGW, jest wybierany poprzez elektorów i pełni funkcje kadencyjnie, podobnie jak dziekani wydziałów.

Organizacja studiów międzywydziałowych odpowiada potrzebom kierunków interdyscyplinarnych, do których zalicza się m.in. ochrona środowiska. Kontynuacja edukacji w zakresie III poziomu kształcenia odbywa się na studiach doktoranckich struktur wydziałowych, w zależności od ukierunkowania planowanych badań.